Les mutations du riz et du maïs utiles à la domestication sont apparues bien avant l'agriculture
Lors de la domestication des plantes, les premiers cultivateurs se sont appuyés sur une variabilité qui existait déjà chez les espèces sauvages. Les mutations utiles étaient rares chez les ancêtres sauvages des plantes cultivées, mais pendant des millénaires les hommes ont sélectionné les plants porteurs des caractères voulus, et la fréquence de ces mutations a augmenté.
Le caractère principal du riz domestiqué tient à ce que les grains mûrs ne tombent pas de l'épi et peuvent être récoltés. La mutation du gène qSH3, responsable de ce caractère, était vraisemblablement déjà présente chez le riz sauvage, et sa fréquence a augmenté pendant plus de 2000 ans, à partir d'environ 9000 ans avant notre époque. Chez le maïs, la mutation du gène tga1, qui a libéré le grain de son enveloppe dure, est apparue il y a plus de 40 000 ans, alors que le maïs n'a été domestiqué qu'il y a environ 9000 ans. Même la tolérance au froid, grâce à laquelle le riz s'est répandu il y a environ 4000 ans dans les zones de climat tempéré, reposait sur d'anciennes variantes de gènes.
Les chercheurs de l'Université de New York ont déterminé l'âge des mutations à l'aide des arbres généalogiques de portions du génome, puis ont confronté leurs résultats aux découvertes archéologiques de grains dans la vallée du fleuve Yangtsé