В 1924 г. была конфискована часть имущества Мечети
В 1924 г. была конфискована часть имущества Мечети. Были изъяты и переданы в Антиквариат большой ковер, четыре бронзовых фонаря, три люстры, мебель. В июне 1940 года богослужения были прекращены, здание передано Ленгорздравотделу под склад медицинского оборудования. Многочисленные обращения верующих ленинградской мусульманской общины в послевоенные годы, которая к началу 1950-х годах насчитывала 15 000 человек, ходатайства президента Индонезии доктора Сукарно, премьер-министра Индии Джавахарлала Неру возымели действие, и в 1955 г. здание Мечети было передано Религиозному Обществу Мусульман.
18 января 1956 года богослужения в Мечети были возобновлены. В 1968 году здание Соборной Мечети Решением исполкома Ленгорсовета было поставлено под государственную охрану как памятник архитектуры.
С 1956 года и по настоящее время Соборная Мечеть используется мусульманской общиной Санкт-Петербурга как религиозно-образовательный центр. Внутреннее устройство Мечети сегодня прежнее-на первом этаже расположен большой зал, в котором молятся мужчины, второй этаж отведён женщинам, а на третьем этаже находятся классы воскресной школы (медресе), где преподаются уроки арабского и татарского языков, а также основы ислама.
Однако само здание до наших дней дошло с рядом утрат и перестроек. В 1950-е годы были утрачены фрагменты майоликового орнамента в нижних частях северного и восточного порталов.
В конце XX века выявилась необходимость полной замены прежнего изразцового убранства. Сложные реставрационные работы, начатые в конце 1980-х годов, растянулись на полтора десятилетия. Сегодня датой строительства Соборной Мечети в Санкт-Петербурге принято считать 1910–1913 (1914) годы, но в результате последних исследований эта датировка существенно изменена на 1909-1921 годы. Новая дата охватывает события от церемониала закладки здания в 1910 году до начала богослужений в 1920 году. Эти же даты отмечены и на портале здания.
Соборная Мечеть в Санкт-Петербурге до открытия Махачкалинской Джума-мечети была самой большой в России, по разным данным она вмещает от трех до пяти тысяч человек.
