В 1881 г
В 1881 г. Москву и Петербург посетил сын Бухарского эмира, который присутствовал при коронации императора Александра III (1881-1894). В мае этого же года мусульманская община обратилась к правительству с просьбой о разрешении постройки мечети в Петербурге, но вопрос этот тогда решен не был. Вопрос о постройке Соборной Мечети снова был поднят лишь в 1904 г. при встрече русского императора Николая II с тем же высоким посланцем из Бухары, который приехал в Петербург уже в качестве эмира.
Сеид-Мир-Алим-Хан (1879-1943) - последний Эмир Бухарский (1910-1920), обучался в Николаевском кадетском корпусе. Генерал-лейтенант Свиты Его Императорского Величества (1915), кавалер всех высших орденов Российской империи, за исключением ордена Св. Андрея Первозванного. С 1920 г. в эмиграции в Афганистане.
Вопрос был тогда же в принципе решен: мусульманам разрешалось приобрести участок земли для строительства мечети. Тогда же Бухарский эмир пожертвовал 312 тысяч рублей для покупки земли на Петербургской стороне. Под патронажем Эмира был проведен архитектурный конкурс, а в дальнейшем велись все проектные и строительные работы. На конкурсе первой и второй премиями были отмечены проекты архитектора Н.В. Васильева. Соавторами Васильева стали гражданский инженер С.С. Кричинский, который занимался конструктивными проблемами, и архитектор А.И. фон Гоген.
Церемония официальной закладки Соборной Мечети была приурочена к 25-летнему юбилею правления Сеид Мир-Алима-Эмира Бухарского и его визиту в Санкт-Петербург и состоялась 3 февраля 1910 года. 21 февраля 1913 г. в еще строившейся Мечети в присутствии почетных гостей, было совершено первое торжественное богослужение, приуроченное к празднованию 300-летия царской династии Романовых. После этого строительство было продолжено и к концу 1914 г. основные работы по внутренней отделке здания были завершены, но техническое оснащение и декоративная отделка здания продолжались и после революции.