Le nom de la pénicilline vient du latin penicillus, pinceau, et est apparenté au mot penis
La pénicilline doit son nom à son aspect : sous le microscope, une colonie de pénicilles ressemble à un pinceau. Le nom du genre, Penicillus, vient du latin penicillus, « pinceau ». Aussi étrange que cela paraisse, le mot « pénicilline » est apparenté au mot « pénis », du latin penis, « queue ». Penicillus, c'est-à-dire « petite queue », renvoie aux poils d'animaux dont on fabrique depuis toujours les pinceaux.