L'expertise génétique de 2013 n'a pas confirmé que le crâne était celui d'Henri IV

Toutefois, l'expertise génétique de 2013 a infirmé l'attribution du crâne au fondateur de la dynastie des Bourbons. Ni par l'ADN mitochondrial ni par le chromosome Y, l'information génétique extraite du crâne ne s'est révélée apparentée à celle des descendants actuels des Bourbons, que ce soit par la lignée maternelle ou par la lignée paternelle. Ce qui peut d'ailleurs s'expliquer par une rupture de la filiation au cours des 400 ans écoulés depuis la mort du roi de France. Autrement dit, soit le crâne n'est pas celui d'Henri IV, soit l'un de ses descendants a donné son nom à l'enfant d'un autre.